Церковь Саентологии образует церковную структуру, которая осуществляет и коородинирует разнообразную религиозную деятельность. Кроме проведения саентологических религиозных обрядов и практик, она привлекает новых сторонников, осуществляет управление церковной структурой, обеспечивает передачу коммуникации, производстводит материалы для распространения и выполняет многие другие функции. Таким образом, саентологов объедияет объединяют не только общие верования и религиозная практика, но и организационная структура, которая как нельзя лучше подходит для осуществления их религиозной миссии.
На нижних уровнях саентологической религиозной иерархии находятся работающие в районе деятельности священники, саентологические религиозные группы и миссии, которые предоставляют одитинг и саентологическое обучение начального уровня. На более высоких уровнях – более крупные саентологические организации, которые предоставляют одитинг и саентологическое обучение продвинутого уровня.
Саентологическая международная структура церковного управления охватывает все церкви. Начиная с Международной церкви Саентологии и заканчивая Континентальными офисами связи, ответственными за свои регионы, эта структура управления осуществляет свою деятельность, чтобы религиозная философия и технология Дианетики и Саентологии были доступны каждому, кто желает ими воспользоваться, и чтобы эта технология использовалась именно в том виде, в котором её разработал Л. Рон Хаббард.
Поскольку саентологическое Писание требует того, чтобы изложенные в нём практики применялись без искажений, иерархическая структура церковного управления предоставляет каждой церкви поддержку, необходимую для выполнения этого требования. Таким образом, все саентологи могут быть уверены, что обряды проводятся саентологическими церквями по всему миру без искажений.
Каждая саентологическая церковь является отдельной организацией, ею управляет её совет директоров. Административные работники и начальники отделов также входят в структуру церковного управления и несут полную ответственность за проведение обрядов для своих прихожан и за служение обществу в целом.